プロ志望届の提出が10月6日、締め切られた。日本高野連などのホームページに掲載されたプロ志望届提出選手は105人。大学生は111人だった。春夏甲子園ベスト8の木更津総合（千葉）早川隆久投手は早大への進学を希望、志望届を提出しなかった。
志望届を提出しなかった主な選手と希望進路は以下の通り。
【高校生】
北海（北海道）大西健斗投手＝進学
八戸学院光星（青森）伊藤優平内野手＝八戸学院大
常総学院（茨城）鈴木昭汰投手＝進学
作新学院（栃木）入江大生内野手＝進学
佐野日大（栃木）五十幡亮汰内野手＝中央大
木更津総合（千葉）早川隆久投手＝早稲田大
木更津総合（千葉）小池航貴内野手＝帝京平成大
横浜（神奈川）石川達也投手＝進学
横浜（神奈川）公家響内野手＝進学
横浜（神奈川）村田雄大外野手＝進学
東海大相模（神奈川）北村朋也投手＝国際武道大
平塚学園（神奈川）高田孝一投手＝法政大
東海大甲府（山梨）菊地大輝投手＝国際武道大
敦賀気比（福井）林中勇輝内野手＝立教大
中京大中京（愛知）佐藤勇基内野手＝法政大
いなべ総合学園（三重）渡辺雄太捕手＝法政大
龍谷大平安（京都）市岡奏馬投手＝進学
智弁学園（奈良）村上頌樹投手＝東洋大
智弁学園（奈良）納大地外野手＝東洋大
明石商（兵庫）吉高壮投手＝日体大
智辯学園和歌山 高垣鋭次内野手＝日体大
智辯学園和歌山 野口春樹外野手＝関西学院大
【大学生】
早大・中沢彰太外野手（静岡）＝ＪＦＥ東日本
立大・佐藤竜彦外野手（国学院久我山）＝ホンダ
東洋大・阿部健太郎内野手（帝京）＝ＮＴＴ東日本
東洋大・笹川晃平外野手（浦和学院）＝東京ガス